一、民事主体不同，对债务承担的责任不同

根据《民法总则》规定：民事主体分为自然人、法人和非法人组织三大类别，具体每个民事主体类别又有细分，其中个体工商户、个人独资企业、和公司有着不同的组织形态，如下图所示。

个体工商户：是由自然人从事工商业经营，经依法登记。有个人经营、家庭经营与个人合伙经营三种组织形式，均对债务承担无限责任。

个人独资企业：是指依照《个人独资企业法》在中国境内设立，由一个自然人投资，全部资产为投资人个人所有，投资人以其个人(或者家庭)财产对企业债务承担无限责任的经营实体。

公司：有限责任公司，简称有限公司，有限公司，有限责任公司性质都是一样，只是名称不同，没有任何区别。从法律上赋予法人企业独立承担经济责任的地位和出资者只承担投入资本的有限责任

二、税收政策有所不同

独资企业和个体工商户一样：需要缴纳增值税、个人所得税、城市维护建设税、教育附加、地方教育附加，按季度自行申报。